La loro prima chiesa i Gesuiti la costruirono sull'antica chiesa di S. Giuseppe dei maestri d'ascia e la nuova venne anche dedicata a S. Giuseppe. La prima pietra fu posta il 31 luglio 1635 in coincidenza con la festa di Sant'Ignazio. Per la costruzione occorsero 52 anni e i padri Gesuiti si adoperarono molto per abbellirla con marmi scelti.
L'altare di S. Ignazio fu ornato da una maestosa edicola sulla quale fu posta la statua del Santo opera del Marabitti.
Belli anche i quadri di S. Francesco Saverio, opera del Maddiona, dell'Ultima cena e di S. Giuseppe. Nel 1648 i padri ottennero il permesso di variare l'ingresso e quindi il prospetto della chiesa che dava prima su via Ruggero VII e su via Amalfìtania. Per fare ciò dovettero risolvere moltissime liti con i proprietari degli immobili limitrofi che dovettero acquistare per poter completare la chiesa. L'interno è a tre navate con dodici colonne di marmo grigio e nove altari. Attualmente la chiesa, tra le più belle dell'isola, è chiusa per la partenza da Siracusa dei padri Gesuiti.