Si trovava nella contrada S. Giovannello, alla Mastrarua, oggi via V. Veneto. Nel 1735, durante la guerra tra gli Austriaci e gli Spagnoli "fu demolito l'intero quartiere di case nella linea di mare della Mastrarua, compresa la chiesa di S.Nicolo,  per consentire una ritirata sicura alle truppe in caso di sconfitta. Il grande quadro di S. Nicolo fu trasportato nella vicina chiesa di S. Caterina.