I Padri Minimi o Paolotti, avevano avuta assegnata la chiesa di S. Antonio fuori le mura, ma avendola avuta demolita, ottennero di costruirne una in Ortigia, alla Giudecca, di fronte a S. Giovanni Battista. Nel 1705 si posero le fondamenta, i lavori durarono circa 30 anni. In memoria dell'antica chiesa di S. Antonio loro assegnata, fu imposto di incidere sulla sommità della cupola la dicitura DIVO ANTONIO ABATI. Dopo la soppressione del Convento, la chiesa restò aperta al culto con un Rettore senza stipendio. Nella chiesa vi erano dei dipinti pregevoli: il quadro di S. Antonio Abate e di S. Francesco di Paola, opere di Fragonio Messinese.