Si trovava in via Minerva a fianco al palazzo municipale. Costruita nel 1446 era di stile aragonese con un semplice portale e due finestre sulla facciata ed era sorta a ricordo della peste che aveva colpito due anni prima, nel 1444, la città. Per un certo periodo aveva ospitato i Cavalieri di Malta nel XVI secolo, come ricordava lo stemma della facciata. In questa chiesa il 23 marzo 1641 mons. Francesco Eliade Rossi trasferì la Confraternita dei Sacerdoti che si trovava a S. Caterina^. In epoca successiva la chiesa fu mantenuta dalla Confraternita di S. Sebastiano, detta Fratellanza, infatti quando il Comune ne chiederà la cessione per l'ampliamento dei propri uffici, l'Arcivescovo concederà nella chiesa di S. Lucia alla Badia una cappelletta per il simulacro del Santo, mentre il Comune metterà a disposizione della Fratellanza un piccolo vano di sua proprietà, comunicante con la chiesa per le riunioni dei Confrati. Nella delibera comunale, a firma dell'allora Podestà dott. Leone Leone, del 17 marzo 1928<37) si legge:

1 ) Concessione gratuita alla Fratellanza di S. Sebastiano per tutto il tempo in cui il simulacro del loro santo patrono avrà la cappella nella chiesa di S. Lucia del vano comunale adiacente alla detta chiesa e già con la stessa messo in comunicazione con un'apertura appositamente costruita.

2) Concede in perpetuo alla stessa Fratellanza mq 48 di terreno al cimitero per la cappella della pia associazione.

3) Le suddette concessioni per il pieno soddisfacimento del compenso cui la Fratellanza avrebbe potuto aver diritto per la rinuncia dell'uso della chiesetta e per le spese sostenute per il trasferimento in S. Lucia.